Na zijn studie letteren en wijsbegeerte in Luik werd de jonge Pirenne benoemd als professor in de middeleeuwse geschiedenis aan de Universiteit Gent. Hij gaf er levendig les over de groei van de middeleeuwse steden en de rol van de islam bij de val van het Romeinse Rijk. Maar Pirenne was in de eerste plaats een vernieuwer op het gebied van de geschiedkundige methodologie. Gefascineerd als hij was door wetenschappelijke disciplines als sociologie, economie en psychologie, nam hij als eerste Belgische historicus een kijkje buiten de muren van zijn eigen vakgebied. .Zijn inspirerend onderwijs maakte hem tot de vader van de zogeheten Gentse historische school. Hij geldt als een van de grootste, zo niet de allergrootste, Belgische geschiedkundige(n).
Hij is onder meer bekend van het monumentale werk Histoire de la Belgique (zeven delen, gepubliceerd vanaf 1899 tot 1932). Daarin probeerde hij aan te tonen dat België reeds een aanvang zou hebben genomen vanaf de tijd vlak na keizer Lodewijk de Vrome toen diens rijk na zijn overlijden bij het Verdrag van Verdun in 843 over zijn drie zoons werd verdeeld en onder andere het Middenrijk ontstond waartoe ook het latere België behoorde.
Verder werd hij befaamd met zijn Pirenne-these welke hij uiteenzette in zijn postuum in 1937 verschenen boek Mahomet et Charlemagne (Mohammed en Karel de Grote). Daarin betoogde hij dat de komst van de islam de culturele eenheid van de gebieden rondom de Middellandse Zee zou hebben vernietigd en daardoor een verplaatsing van het culturele zwaartepunt naar de meer noordelijk gelegen landen van Europa zou hebben plaatsgehad - zoals die van keizer Karel de Grote - die daardoor de definitieve erflaters van de Antieke beschaving zouden zijn geworden. Zijn stelling heeft tot grote internationale debatten geleid.
"Henri Pirenne
heeft de manier waarop na
hem geschiedenis werd beoefend
en onderwezen, blijvend
beïnvloed. Het seminariemodel
dat hij definitief heeft
doen ingang vinden en de
brede comparatieve vraagstelling,
het inschakelen van
methodes en begrippen uit
andere sociale en humane
wetenschappen maken van
hem een sleutelfiguur die de
revolutie van de 'Annales'
(naar het vernieuwend Franse
vaktijdschrift) school aankondigt.
In zijn verzet tegen de
Duitse bezetting tijdens WO I
is hij als geëngageerd burger
en intellectueel naar voren
gekomen."
Professor Marc Boone is lid van de vakgroep Middeleeuwse
geschiedenis van de faculteit Letteren en Wijsbegeerte.